鉄骨造、鉄筋コンクリート造は構造計算が必要ですので、図面通りの部材が使われていれば、問題はないと思います。

木造の場合法規自体が曖昧で、建物の縦方向と横方向に必要量の耐力壁がバランス良く配置されていれば良いとされています。デザインや、動線だけにとらわれず、本当に必要な場所(主に通し柱周辺など)にしっかりした耐力壁を設けるべきです。
梁、桁の大きさもハッキリしたモノはありませんので、経験上の知識から決められているのが現状です。設計事務所、工務店、大工それぞれの意見を聞いて公平な判断をするのが良いと思います。
一般的にはスパン(柱と柱の距離)の1/10程度が標準ですが、屋根回りや小梁はもう少し細くても構いません。
土台や柱の下部は防腐防虫処理を施す必要がありますが、薬剤の効果は年数に限りがあります。重要なのは材質と考えるべきでしょう。腐りにくくシロアリにも強い桧やヒバをお薦めします。
また、基礎工事とも関連しますが、床下の換気はしっかりと行えるよう配慮してもらいましょう。